C'est une période durant laquelle il est relativement proche de son jeune frère Sasuke, ce dernier étant relativement introverti, ceci du à l'exceptionnel talent de son frère ainé. Mais lorsqu'il découvre certaines vérités sur son clan en rapport avec son talent et plus précisément le Mangekyou Sharingan, ses relations avec sa famille se dégradent peu à peu.
Extinction d'une lignée
Grâce à Madara Uchiwa qui lui raconte le passé glorieux de son clan, il découvre que son Sharingan peut évoluer en Mangekyou Sharingan (un Sharingan beaucoup plus puissant) à la seule conditon de tuer son meilleur ami (ce qu'il fit). Possesseur de ce Dōjutsu ultime, il exerce son pouvoir sur son propre clan et tue un à un tous les membres, parents inclus, sauf Sasuke qu'il garde en vie pour qu'il le haïsse et pour qu'il deviennent lui aussi un utilisateur du Magenkyou Sharingan. On apprend dans le chapitre 385 qu'il n'était pas seul, contrairement a ce que l'on croyais, mais aidé par Madara Uchiwa. Lorsque Sasuke revient, il a l'effroyable vision de voir Itachi et les cadavres de ses parents étendus sur le sol. Itachi lui fera subir un genjutsu qui mettra en boucle les visions du meurtre et de la torture de ses parents. Sasuke, terrorisé, fuit en suppliant son frère de ne pas le tuer. Itachi apparaît en un éclair devant son frère, lui affirmant qu'il ne le tuera pas,parceque il veut le garder vivant pour lui prendre ses yeux quand il sera plus grand car le fait d'utiliser le mangekyou rend aveugle. Il dit à son petit frère que s'il veut le vaincre, il doit posséder le Mangekyou Sharingan et lui lance: "Si tu veux me vaincre, haïs-moi, déteste-moi, et survie par tous les moyens". Après ces paroles, il utilise son Sharingan pour endormir son petit frère. Il disparaît de Konoha à la fin de cette effroyable soirée. Il n'y réapparaîtra que sous le costume de l'Akatsuki.
Akatsuki
Il rejoindra ensuite l'Akatsuki (organisation criminelle de puissants ninjas). Pour le compte de cette organisation, il recherche Naruto pour lui prendre Kyûbi, le démon-renard à neuf queues scellé dans son corps(il recherche aussi les huit autre démons). Il semble avoir un but précis, il a épargné son frère, pour lui arracher ses yeux et remplacer les siens pour ne pas devenire aveugle a cause des effets secondaires du mangekyou sharingan. Il a un excellent Genjutsu (Tsukuyomi) qu'il utilisera contre Sasuke et Kakashi, cette technique est une illusion très puissante qu'il peut déclencher avec son Mangekyou Sharingan (du fait de son grand talent il est même capable de créer un genjutsu avec son doigt !) Cette technique peut durer jusqu'à 3 jours pour celui qui la subit, mais ne dure que 1 seconde en temps réel. Pendant ces 72 heures, celui qui subit l'attaque se fait torturer par l'utilisateur de la technique, ce qui peut être mortel même à la fin de l'illusion. Dans l'Akatsuki il fait équipe avec Kisame Hoshigaki, exclu du village du pays de l'eau. Itachi en battant Deidara le contraint à intégrer l'Akatsuki.Itachi en battant Orochimaru le contraint à quitter l'Akatsuki.

